一、物理方法
1、溫度
利用溫度進(jìn)行滅菌、消毒或防腐，是最常用而又方便有效的方法。高溫可使微生物細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和酶類發(fā)生變性而失活，從而起滅菌作用，低溫通常起抑菌作用。
1）干熱滅菌法：
a.灼燒滅菌法：利用火焰直接把微生物燒死。此法徹底可靠，滅菌迅速，但易焚毀物品，所以使用范圍有限，只適合于接種針、環(huán)、試管口及不能用的污染物品或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物的尸體等的滅菌。
b.干熱空氣滅菌法：這是實(shí)驗(yàn)室中常用的一種方法，即把待滅菌的物品均勻地放入烘箱中，升溫至160°C,恒溫1小時(shí)即可。此法適用于玻璃皿、金屬用具等的滅菌。
2）濕熱滅菌法：
在同樣的溫度下，濕熱滅菌的效果比干熱滅菌好，這是因?yàn)橐环矫婕?xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)含水量高，容易變性。另一方面高溫水蒸汽對(duì)蛋白質(zhì)有高度的穿透力，從而加速蛋白質(zhì)變性而迅速死亡。
a.巴氏消毒法：有些食物會(huì)因高溫破壞營養(yǎng)成分或影響質(zhì)量，如牛奶、醬油、啤酒等，所以只能用較低的溫度來殺死其中的病原微生物，這樣既保持食物的營養(yǎng)和風(fēng)味，又進(jìn)行了消毒，保證了食品衛(wèi)生。該法一般在62°C,30分鐘既可達(dá)到消毒目的。此法為法國微生物學(xué)家巴斯德首創(chuàng)，故名為巴氏消毒法。
b.煮沸消毒法：直接將要消毒的物品放入清水中，煮沸15分鐘，即可殺死細(xì)菌的全部營養(yǎng)和部分芽孢。若在清水中加入1%碳酸鈉或2%的石炭酸，則效果更好。此法適用于注射器、毛巾及解剖用具的消毒。
c.間歇滅菌法：上述兩種方法在常壓下，只能起到消毒作用，而很難做到完全無菌。若采用間歇滅菌的方法，就能殺滅物品中所有的微生物。具體做法是：將待滅菌的物品加熱至100°C,15~30分鐘，殺死其中的營養(yǎng)體。然后冷卻，放入37°C恒溫箱中過夜，讓殘留的芽孢萌發(fā)成營養(yǎng)體。第2天再重復(fù)上述步驟，三次左右，就可達(dá)到滅菌的目的。此法不需加壓滅菌鍋，適于推廣，但操作麻煩，所需時(shí)間長。
d. 加壓蒸汽滅菌法：這是發(fā)酵工業(yè)、醫(yī)療保健、食品檢測和微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室中最常用的一種滅菌方法。它適用于各種耐熱、體積大的培養(yǎng)基的滅菌，也適用于玻璃器皿、工作服等物品的滅菌。
加壓蒸汽滅菌是把待滅菌的物品放在一個(gè)可密閉的加壓蒸汽滅菌鍋中進(jìn)行的，以大量蒸汽使其中壓力升高。由于蒸汽壓的上升，水的沸點(diǎn)也隨之提高。在蒸汽壓達(dá)到1.055公斤/厘米2時(shí)，加壓蒸汽滅菌鍋內(nèi)的溫度可達(dá)到121°C.在這種情況下，微生物（包括芽孢）在15~20分鐘便會(huì)被殺死，而達(dá)到滅菌目的。如滅菌的對(duì)象是砂土、石蠟油等面積大、含菌多、傳熱差的物品，則應(yīng)適當(dāng)延長滅菌時(shí)間。
在加壓蒸汽滅菌中，要引起注意的一個(gè)問題是，在恒壓之前，一定要排盡滅菌鍋中的冷空氣，否則表上的蒸汽壓與蒸汽溫度之間不具對(duì)應(yīng)關(guān)系，這樣會(huì)大大降低滅菌效果。
3）影響滅菌的因素
a.不同的微生物或同種微生物的不同菌齡對(duì)高溫的敏感性不同。多數(shù)微生物的營養(yǎng)體和病毒在50~65°C,10分鐘就會(huì)被殺死；但各種孢子、特別是芽孢最能抗熱，其中抗熱性最強(qiáng)的是嗜熱脂肪芽孢桿菌，要在121°C,12分鐘才被殺死。對(duì)同種微生物來講，幼齡菌比老齡菌對(duì)熱更敏感。
b.微生物的數(shù)量多少顯然會(huì)影響滅菌的效果，數(shù)量越多，熱死時(shí)間越長。
c.培養(yǎng)基的成分與組成也會(huì)影響滅菌效果。一般地講，蛋白質(zhì)、糖或脂肪存在，則提高抗熱性，pH在7附近，抗熱性最強(qiáng)，偏向兩極，則抗熱能力下降，而不同的鹽類可能對(duì)滅菌產(chǎn)生不同的影響；固體培養(yǎng)基要比液體培養(yǎng)基滅菌時(shí)間長。
4）滅菌對(duì)培養(yǎng)基成分的影響
a.pH值普遍下降。
b.產(chǎn)生混濁或沉淀，這主要是由于一些離子發(fā)生化學(xué)反應(yīng)而產(chǎn)生混濁或沉淀。例如Ca+2與PO4-3化合，就會(huì)產(chǎn)生磷酸鈣沉淀。
c.不少培養(yǎng)基顏色加深。
d.體積和濃度有所變化。
e.營養(yǎng)成分有時(shí)受到破壞。
2、輻射
利用輻射進(jìn)行滅菌消毒，可以避免高溫滅菌或化學(xué)藥劑消毒的缺點(diǎn)，所以應(yīng)用越來越廣，目前主要應(yīng)用在以下幾個(gè)方面：
1）接種室、手術(shù)室、食品、藥物包裝室常應(yīng)用紫外線殺菌。
2）應(yīng)用β射線作食品表面殺菌，γ射線用于食品內(nèi)部殺菌。經(jīng)輻射后的食品，因大量微生物被殺滅，再用冷凍保藏，可使保存期延長。
3、過濾
采用機(jī)械方法，設(shè)計(jì)一種濾孔比細(xì)菌還小的篩子，做成各種過濾器。通過過濾，只讓液體培養(yǎng)基從篩子中流下，而把各種微生物菌體留在篩子上面，從而達(dá)到除菌的目的。這種滅菌方法適用于一些對(duì)熱不穩(wěn)定的體積小的液體培養(yǎng)基的滅菌以及氣體的滅菌。它的最大優(yōu)點(diǎn)是不破壞培養(yǎng)基中各種物質(zhì)的化學(xué)成分。但是比細(xì)菌還小的病毒仍然能留在液體培養(yǎng)基內(nèi)，有時(shí)會(huì)給實(shí)驗(yàn)帶來一定的麻煩。
二、化學(xué)方法
一般化學(xué)藥劑無法殺死所有的微生物，而只能殺死其中的病原微生物，所以是起消毒劑的作用，而不是滅菌劑。
能迅速殺滅病原微生物的藥物，稱為消毒劑。能抑制或阻止微生物生長繁殖的藥物，稱為防腐劑。但是一種化學(xué)藥物是殺菌還是抑菌，常不易嚴(yán)格區(qū)分。消毒劑在低濃度時(shí)也能殺菌（如1:1000硫柳汞）。由于消毒防腐劑沒有選擇性，因此對(duì)一切活細(xì)胞都有毒性，不僅能殺死或抑制病原微生物，而且對(duì)人體組織細(xì)胞也有損傷作用，所以只能用于體表、器械、排泄物和周圍環(huán)境的消毒。常用的化學(xué)消毒劑有：石碳酸、來蘇水（甲醛溶液）、氯化汞、碘酒、酒精等。