有機(jī)質(zhì)肥料如果能夠自行制造，是最符合經(jīng)濟(jì)成本，然而實(shí)際執(zhí)行卻不太容易。比較市場(chǎng)售價(jià)的有機(jī)質(zhì)肥料，以菜籽粕、花生粕等高含氮量的植物性有機(jī)質(zhì)肥料，較符合經(jīng)濟(jì)成本。

菜籽粕是中部地區(qū)水稻有機(jī)栽培使用的主要有機(jī)質(zhì)肥料，其氮：磷酐：氯化鉀的比率為5.3：2.3：1.3。菜籽粕是未經(jīng)腐熟的有機(jī)質(zhì)肥料，因此其施用量及施用適期應(yīng)特別注意。菜籽粕應(yīng)用在水稻栽培，其推薦量每公頃為4,000公斤，1/2當(dāng)基肥使用，約于整地前10天施用，不但可以避免插秧后，因菜籽粕發(fā)酵產(chǎn)生的高溫對(duì)水稻生長(zhǎng)產(chǎn)生危害，并可適時(shí)及適量提供水稻生長(zhǎng)所須的營(yíng)養(yǎng)元素；1/4作為追肥，適時(shí)適量補(bǔ)充水稻營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)期間肥分的吸收，此時(shí)水稻的根系及地上部已經(jīng)生長(zhǎng)非常旺盛，不懼菜籽粕發(fā)酵產(chǎn)生的高溫危害；1/4作為穗肥使用，一般的水稻栽培，穗肥在幼穗形成約0.2公分時(shí)施用最為適當(dāng)，但施用有機(jī)質(zhì)肥料因需要時(shí)間進(jìn)行礦化作用，才能釋放出營(yíng)養(yǎng)成分，因此建議一期作約在幼穗形成前約8~10天，二期作約在幼穗形成前約6~8天施用最為適當(dāng)。

有機(jī)質(zhì)肥料應(yīng)避免在幼穗形成期后再施用，以免在因谷粒充實(shí)期間，有過(guò)量的氮素供應(yīng)，不僅使稻株容易倒伏，亦會(huì)提高谷粒中的粗蛋白質(zhì)含量，不利于稻米品質(zhì)的提升。