60年代早期“分子進(jìn)化鐘”的發(fā)現(xiàn)與60年代末期“中性理論”的提出是本世紀(jì)進(jìn)化學(xué)的重大事件，是古老的進(jìn)化學(xué)與新生的分子生物學(xué)兩者“雜交”的產(chǎn)物。它們的相繼問世極大地推動了進(jìn)化尤其是分子進(jìn)化研究，填補了人們對分子進(jìn)化即微觀進(jìn)化認(rèn)識上的空白，并在生物醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域產(chǎn)生了廣泛影響。

隨著不同生物來源的大量蛋白質(zhì)序列的確定，Zucherkandl等發(fā)現(xiàn)：某一蛋白在不同物種間的取代數(shù)與所研究物種間的分歧時間接近正線性關(guān)系，進(jìn)而將分子水平的這種恒速變異稱為“分子鐘”。

支持進(jìn)化鐘存在的證據(jù)來自哺乳動物與其它脊椎動物諸如血清白蛋與轉(zhuǎn)鐵蛋白等的免疫學(xué)（如微量補體固定）定量比較。人們發(fā)現(xiàn)多肽間的免疫距離（如抗原性）與其氨基酸取代百分?jǐn)?shù)成良好的線性相關(guān)，如鳥溶菌酶、哺乳動物RNase、細(xì)胞色素C與白蛋白、大腸桿菌色氨酸合成酶等。雖然這種相關(guān)性的分子基礎(chǔ)尚不清楚，但這種客觀存在經(jīng)過反復(fù)驗證后是不容置疑的。免抗血清由此成為初步估算球形單體蛋白間序列差異的有效工具，但其適用范圍0-30%的氨基酸差異。

自從進(jìn)化鐘假設(shè)提出之后，存在許多反駁它的相反事實與異議。這些異議主要針對序列進(jìn)化的恒速。分子進(jìn)化鐘的最明顯的例外之一是分子序列證據(jù)與化石證據(jù)在人類起源時間上的差異。60年代中期，許多人類學(xué)家認(rèn)為人類在3000年前與我們最近的親屬-- 非洲猿分歧。根據(jù)分子鐘假設(shè)，分歧3000萬年的物種氨基酸序列差異的應(yīng)達(dá)4-5%、非重復(fù)序列DNA差異應(yīng)約為8%，但實測值分別為0.8%與1.1%。對這種6倍左右的差別有兩種解釋。許多人類學(xué)家傾向于懷疑鐘的存在，并認(rèn)為在高等靈長類中分子進(jìn)化速率下降�？傊�，雖然大部分分子進(jìn)化學(xué)家同意序列進(jìn)化與分歧時間密相關(guān)，但進(jìn)化是以年限還是以代限為刻度則仍有分歧與爭議；而且因為縱多因素的影響，與進(jìn)化鐘相左的數(shù)據(jù)，無論是用氨基酸、核苷酸序列差異、免疫學(xué)距離，還是用DNA雜交復(fù)性等參數(shù)，均不斷有所報道，其論爭預(yù)計將繼續(xù)下去。自從60年代初發(fā)現(xiàn)分子進(jìn)化鐘--“分子進(jìn)化速率在不同種系中恒定”以來，人們又陸續(xù)發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)中氨基酸的置換是隨機而非模式性的；DNA在哺乳動物種系的總變異速率遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于形態(tài)上的變異速率并遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出人們的預(yù)期的大于0.5核苷酸/ 基因組/ 年；蛋白質(zhì)電泳表明物種內(nèi)存在大量的變異即廣泛的種內(nèi)多態(tài)性，且這些多態(tài)性并無可見的表型效應(yīng)，與環(huán)境條件亦無明顯相關(guān)。以上這些都是新達(dá)爾文主義與綜合進(jìn)化理論所難以解釋的。

面對上述問題，日本群體遺傳學(xué)家木村資生（Motoo Kimura）提出：(1) 進(jìn)化過程中的核苷酸置換其絕大部分是中性或近似中性的突變隨機固定的結(jié)果而不是正向達(dá)爾文選擇的結(jié)果：(2) 許多蛋白質(zhì)多態(tài)性必須在選擇上為中性或近中性，并在群體中由突變引入與隨機滅絕間兩者的平衡維持。