間腦位于中腦上方，兩大腦半球之間，大部分被大腦半球所覆蓋，并與兩半球緊密連接。兩側(cè)間腦之間為一狹小的腔隙，稱為第三腦室，第三腦室下通中腦水管，其前上方兩側(cè)借室間孔與左右大腦半球內(nèi)的側(cè)腦室相通。間腦主要分為丘腦與下丘腦。

丘腦：位于間腦的背部，是一對(duì)卵圓形的灰質(zhì)塊，被“Y”形的白質(zhì)纖維分為前核群（與內(nèi)臟活動(dòng)有關(guān)），內(nèi)側(cè)核群和外側(cè)核群（全身的淺、深感覺(jué)的上行傳導(dǎo)束終止于此核的腹后部分）。在丘腦的后下方有一小突起，稱為內(nèi)側(cè)膝狀體，為聽(tīng)覺(jué)的皮層下中樞。其外側(cè)另有一突起，稱為外側(cè)膝狀體，為視覺(jué)的皮層下中樞。除嗅覺(jué)外，各種感覺(jué)傳導(dǎo)束都在丘腦內(nèi)更換神經(jīng)元后，才能投射到大腦皮層的一定部位，所以丘腦是皮層下感覺(jué)中樞。一側(cè)丘腦受刺激，可出現(xiàn)對(duì)側(cè)半身感覺(jué)過(guò)敏或疼痛。若一側(cè)丘腦損傷，可出現(xiàn)對(duì)側(cè)半身感覺(jué)消失。

下丘腦（即丘腦下部）：位于丘腦的前下方，包括第三腦室側(cè)壁下部和底的一些灰質(zhì)核團(tuán)。下丘腦的前下方有視神經(jīng)會(huì)合而成的視交叉，后方有一對(duì)小突起，稱為乳頭體。視交叉與乳頭體之間為灰結(jié)節(jié)，向下以漏斗與腦垂體連接。垂體是一圓形小體，為重要的內(nèi)分泌腺。通常將下丘腦由前向后分為3個(gè)區(qū)，各區(qū)都包含許多核團(tuán)，其中大多數(shù)都無(wú)明顯的界線。下丘腦是皮層下植物性神經(jīng)的高級(jí)中樞，與內(nèi)臟活動(dòng)有密切關(guān)系