RNAi在基礎(chǔ)研究領(lǐng)域和醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域的應(yīng)用，其基礎(chǔ)是siRNA的基因沉默作用。目前在體內(nèi)或體外RNAi中應(yīng)用的siRNA主要有兩類：RNA和DNA載體。
1、 RNA
（1）siRNA：化學(xué)合成或體外轉(zhuǎn)錄的方法得到~21nt的兩段小RNA，經(jīng)退火后形成~19個堿基互補，兩邊3? 端各有2個堿基突出的siRNA。目前此類siRNA應(yīng)用最廣泛。尤其是經(jīng)過修飾后提高穩(wěn)定性的siRNA仍可表現(xiàn)特異的基因沉默作用，為其在體內(nèi)的應(yīng)用提供了可能的前景。
（2）esiRNA：因為上述的siRNA基因抑制的有效性關(guān)鍵在于靶基因序列片段的選擇，但現(xiàn)在并不知道m(xù)RNA的哪一個部位對siRNA更敏感，所以根據(jù)靶基因mRNA設(shè)計的長dsRNA經(jīng)Dicer剪切成一系列~21nt的siRNA－統(tǒng)稱為esiRNA，可能更有效、更方便的抑制基因的表達。
（3）發(fā)夾RNA：根據(jù)miRNA設(shè)計的發(fā)夾RNA，或基于siRNA的發(fā)夾RNA在體內(nèi)都表現(xiàn)出有效地基因抑制作用。
2、DNA載體
由于在哺乳動物和果蠅中不存在RNAi的擴增機制，導(dǎo)入以上RNA產(chǎn)生的RNAi作用不可避免的具有瞬時性。為了克服這個弱點，一些研究小組發(fā)展了基于DNA載體在體內(nèi)表達siRNA的技術(shù)。這種載體可以是質(zhì)粒，也可以是病毒，甚至可以是DNA片段。
（1）基于RNA聚合酶II啟動子的表達系統(tǒng)：在弱或無干擾素應(yīng)答反應(yīng)的組織或細胞中，可以構(gòu)建長的發(fā)夾RNA，進一步由Dicer剪切成siRNA。這種表達系統(tǒng)的優(yōu)點是允許組織或細胞特異性的dsRNA表達，但是絕大部分哺乳動物細胞對長的發(fā)夾RNA的干擾素應(yīng)答而產(chǎn)生非特異作用，限制了此類表達系統(tǒng)的廣泛應(yīng)用。
（2）基于RNA聚合酶III啟動子的表達系統(tǒng)：目前主要應(yīng)用的是U6啟動子和H1啟動子，一方面它們在體內(nèi)有較高的轉(zhuǎn)錄效率，另一方面以數(shù)個連續(xù)T為終止信號，限制了RNA的大小從而不引起干擾素的非特異作用。此種表達系統(tǒng)還可分成三類：一是基于發(fā)夾RNA的基因沉默效應(yīng)而設(shè)計的表達發(fā)夾RNA的質(zhì)粒載體；二是在載體上構(gòu)建兩個啟動子分別表達siRNA的正義RNA和反義RNA；三是共同導(dǎo)入分別表達siRNA的互補片段的含有U6或H1啟動子的DNA片段，或者表達發(fā)夾RNA的DNA片段。尤其是后者，可以用PCR方法方便的獲得，大大擴展了其應(yīng)用。