根據(jù)不同的雜交實(shí)驗(yàn)要求，應(yīng)選擇不同的核酸探針。在大多數(shù)情況下，可以選擇克隆的DNA或cDNA雙鏈探針。但是在有些情況下，必須選用其它類型的探針如寡核苷酸探針和RNA探針。例如，在檢測(cè)靶序列上的單個(gè)堿基改變時(shí)應(yīng)選用寡核苷酸探針，在檢測(cè)單鏈靶序列時(shí)應(yīng)選用與其互補(bǔ)的DNA單鏈探針（通過(guò)克隆人M13噬菌體DNA獲得）或RNA探針，寡核苷酸探針也可。長(zhǎng)的雙鏈DNA探針特異性較強(qiáng)，適宜檢測(cè)復(fù)雜的靶核苷酸序列和病原體，但不適宜于組織原位雜交，因?yàn)樗灰淄高^(guò)細(xì)胞膜進(jìn)入胞內(nèi)或核內(nèi)。在這種情況下，寡核苷酸探針和短的PCR標(biāo)記探針（80～150bp）具有較大的優(yōu)越性。
在選用探針時(shí)經(jīng)常會(huì)受到可利用探針?lè)N類的限制。如在建立DNA文庫(kù)時(shí)，手頭沒(méi)有篩選特定基因的克隆探針，這時(shí)就可用寡核苷酸探針來(lái)代替。但必須首先純化該基因的編碼蛋白，并測(cè)定6個(gè)以上的末端氨基酸序列，通過(guò)反推的核苷酸序列合成一套寡核苷酸探針。如果已有其它動(dòng)物的同種基因克隆，因?yàn)槿祟惡蛣?dòng)物間在同一基因的核苷酸順序上存在較高的同源性，因此可利用已鑒定的動(dòng)物基因作探針來(lái)篩選人類基因克隆。對(duì)于基因核苷酸序列背景清楚而無(wú)法獲得克隆探針時(shí)，可采用PCR方法擴(kuò)增某段基因序列，并克隆人合適的質(zhì)粒載體中，即可得到自己的探針。這種方法十分簡(jiǎn)便，無(wú)論基因組DNA探針還是cDNA探針都可以容易地獲得，而且，可以建立PCR的基因檢測(cè)方法，與探針雜交方法可作對(duì)比，可謂一舉兩得。
