利用NCBI可以查詢不同物種間相對應(yīng)的基因,如與小鼠相近的人類的基因:
人和大鼠是做過全基因組比較基因組學(xué)研究的,UCSC做得最全全面,已有相關(guān)的paper發(fā)表。在UCSC的Genome Browser中,可以通過基因名查詢?nèi)、小鼠、大鼠、雞、猩猩、狗、斑馬魚、河豚這些物種之間的對應(yīng)或相似的基因。
也可以通過homologene 來進(jìn)行查詢:
例題:找到跟人的p21基因相對應(yīng)的大鼠基因.
1. 進(jìn)入entrez gene.
2.search gene for p21
To limit your search to a specific field, select:gene name
Limit by Taxonomy: Mammalia: Homo sapiens
3.選擇第一個 CDKN1A,在link中新窗口打開homologene
得到:R.norvegicus--- Cdkn1a--- cyclin-dependent kinase inhibitor 1A
4.在大鼠芯片list中查找Cdkn1a,
得:13 17 n0313f03 U33314 Rn.10128
Rattus norvegicus serine/threonine kinase beta-PAK mRNA, complete cds p21 (CDKN1A)-activated kinase 3 Pak3
就這樣找到了和人的p21基因?qū)?yīng)的大鼠基因Cdkn1a. 如果你對該序列還不是很放心的話,可以將兩條序列進(jìn)行比對,或者尋找原始文獻(xiàn)確證一下。