雖然功能性載體可以直接的與基體化合物連接, 為了提高反應(yīng)效率和剪切的容易程度, 一個連接分子被插入在載體和基體分子之間. 連接分子應(yīng)該被定量的裝載在載體上, 而且在反應(yīng)期間直到最后化合物被切下都是穩(wěn)定的. 連接分子可以分類為保護基團型, 無痕型, 環(huán)化型, 安全-捕捉型和光活化型.

編碼或解碼聽起來好像是間諜片中的術(shù)語. 在文庫操作中, 編碼/解碼是非常有用的, 甚至可以說是核心部分. 最簡單的方法是把一個空間地址賦予96個表面皿或芯片上的單個化合物. 篩選結(jié)果將會直接的給出位置數(shù)據(jù), 然后轉(zhuǎn)換為化合物標記.
混合-裂分方法對于增大文庫體積是非常有用的. 在單珠單化合物方法中, 每個樹脂珠都攜帶文庫化合物和編碼分子. 篩選過程將會挑選出要選擇的珠子, 而且讀出編碼分子進而識別文庫化合物. 肽或核苷由于其序列分析技術(shù)幾十年來的發(fā)展變得較為成熟而首先被引入作為編碼分子. 核苷甚至可以通過PCR技術(shù)來擴增. Still教授發(fā)展了一種新的方法采用色譜活性化合物作編碼分子, 這些分子可以通過氣相色譜.進行分析.
盡管單珠單化合物方法非常誘人, 從單個珠子上獲得的化合物數(shù)量是有限的(<1 nmol). 為了能夠增加化合物的數(shù)量IRORI Inc.發(fā)展了包含樹脂和微波芯片的反應(yīng)罐. 微波芯片包含了所有的反應(yīng)信息, 這些信息可以用電子閱讀器閱讀. 所以這種技術(shù)可以稱為單罐單化合物方法.

即使沒有化學(xué)編碼過程, 如果可以監(jiān)測反應(yīng)并能識別文庫化合物的標記, 那也將是非常方便的. 盡管現(xiàn)在發(fā)展的還不完善, 已經(jīng)有幾種光譜方法可以應(yīng)用, 這包括質(zhì)譜, IR, 和NMR.