物理圖是指標(biāo)明一些界標(biāo)（例如限制酶的切點(diǎn)、基因等）在DNA上的位置，圖距以物理長度為單位，例如染色體的帶區(qū)、核苷酸對(duì)數(shù)目等。人類基因組計(jì)劃的研究目標(biāo)是，構(gòu)建人的每條染色體的STS圖，標(biāo)記之間相距約10Okb。獲得一組組DNA片段的克隆，組內(nèi)兩兩片段之間有共同的重疊序列；或是獲得標(biāo)記按正確次序排列、相互毗鄰的片段，其連續(xù)長度超過2000kb，以便把染色體分段進(jìn)行研究。
最通常的物理圖的構(gòu)建方法是把限制酶切的DNA片段，按其次序排列連接起來。作圖的技術(shù)路線基本上分兩類：一類是由長到短作圖，另一類則是由短到長作圖。前者是將基因組DNA用切點(diǎn)很少的限制酶如NotI等完全酶切，得到長約100～l000kb的DNA長（大）片段，每條染色體平均切成130個(gè)片段，按照片段上的標(biāo)記把片段按次序排列，然后再把每一長片段酶切成短片段，再把短片段排列成序。這是由長到短的作圖，圖比較完整但分辨率低。后一類方法則是先將基因組DNA用限制酶作部分酶切，得到的短片段分別用酵母人工染色體（YAC）或粘粒等作載體加以克隆，然后根據(jù)克隆片段兩端共有的序列即重疊序列，兩兩連接，逐漸延伸成長片段。這樣作圖分辨率較高，但圖不完整往往留有空缺。這是因?yàn)橛行┟盖挟a(chǎn)生的DNA片段太短，不易被克隆，以致在通過重疊序列把片段連接時(shí)出現(xiàn)中斷。一組相互鄰接的DNA片段的克隆稱為鄰接DNA片段組（contig）。目前一個(gè)contig通常只有2～6個(gè)粘粒克隆，即所含的DNA片段相加只有100～300kb，如除去兩兩片段的重疊序列，則一個(gè)contig作圖覆蓋的DNA長度是有限的�，F(xiàn)在要求在5年內(nèi)做到一個(gè)contig能覆蓋2000kb DNA，并帶有幾個(gè)標(biāo)記。
    在制作物理圖時(shí)，重點(diǎn)發(fā)展的幾種實(shí)驗(yàn)技術(shù)是：（1）脈沖電場(chǎng)凝膠電泳，這是分離高分子量DNA的一種電泳技術(shù)，使DNA分子處在兩個(gè)相互垂直、交替更換的電場(chǎng)中移動(dòng)，把分子量不同的DNA片段分開，可分辨50kb至200kb的DNA分子。（2）YAC克�。篩AC是由質(zhì)粒pBR322、酵母的著絲粒、四膜蟲rDNA的端粒、酵母的自主復(fù)制序列（ARS）以及一些選擇標(biāo)記基因構(gòu)成。呈環(huán)狀結(jié)構(gòu)時(shí)，可以質(zhì)粒方式在原核細(xì)胞中增殖復(fù)制。切成線狀結(jié)構(gòu)后，可連同插入的外源DNA，如染色體一樣地在酵母細(xì)胞中復(fù)制、分配給子細(xì)胞。YAC作為載體，克隆的外源DNA平均300kb，最長的可達(dá)100Okb，穩(wěn)定地傳遞給子細(xì)胞。設(shè)計(jì)構(gòu)建YAC時(shí)，在原核生物的復(fù)制起點(diǎn)〔Ori）上游安排一個(gè)限制酶切位點(diǎn)（如XhoI），當(dāng)YAC載 有外源DNA后，只需用Xhol酶切，則靠近克隆位點(diǎn)的外源DNA上的XhoI切點(diǎn)，可與YAC的XhoI切點(diǎn)互補(bǔ)結(jié)合呈環(huán)狀，按質(zhì)粒進(jìn)行復(fù)制和被回收。這種技術(shù)稱為質(zhì)粒獲救。用這種方法可把外源DNA的末端分離出來，作為釣取與其鄰接的、具有共同末端序列亦即重疊序列的另一DNA片段的探針。實(shí)際上這也就是染色體步移的操作。（3）PCR（多聚酶鏈反應(yīng)）：體外擴(kuò)增DNA的技術(shù)，在生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等基礎(chǔ)研究和臨床診斷上有極其廣泛的用途。在構(gòu)建基因組物理圖時(shí)，主要用于驗(yàn)證STS。（4）熒光原位雜交：傳統(tǒng)的以同位素標(biāo)記探針作原位雜交，曝光后的顆粒較粗，定位不易精確。正在研究以熒光染料代替同位素，提高定位的精確度。（5）輻射雜種細(xì)胞分析，這是利用體細(xì)胞遺傳學(xué)的方法構(gòu)建高分辨的染色體圖的技術(shù)。人-鼠雜種細(xì)胞接受射線輻照后，染色體斷裂，篩選出保留缺失程度不同的人染色體的雜種細(xì)胞，可用于構(gòu)建大尺度染色體物理圖。