顯性假說(shuō)首先由Bruce(1910)提出，后來(lái)Jones(1917)又進(jìn)一步補(bǔ)充為顯性連鎖基因假說(shuō)，簡(jiǎn)稱顯性假說(shuō)。該假說(shuō)認(rèn)為: 多數(shù)顯性基因有利于個(gè)體的生長(zhǎng)和發(fā)育，相對(duì)的隱性基因不利于生長(zhǎng)和發(fā)育。來(lái)自一個(gè)親本的顯性基因可以遮蓋來(lái)自另一親本的隱性基因，使得F1中具有比親本的顯性基因組合多，從而增加了雜合子代的生長(zhǎng)勢(shì)。根據(jù)這個(gè)假說(shuō)，雜合個(gè)體進(jìn)行自交或近交就會(huì)增加子代純合體出現(xiàn)的機(jī)會(huì)，暴露出隱性基因所代表的有害性狀，因而造成自交衰退。該假說(shuō)還認(rèn)為: 具有雜種優(yōu)勢(shì)的性狀，例如產(chǎn)量等均為數(shù)量性狀，涉及到很多基因，并且有害的隱性基因和有利的顯性基因難免相連鎖，所以要把為數(shù)較多的有利基因全部以純合體狀態(tài)集中到一個(gè)自交后代個(gè)體中的概率是微乎其微的，因而不可能獲得一個(gè)同雜種生長(zhǎng)勢(shì)一樣的自交系。
　　顯性假說(shuō)強(qiáng)調(diào)顯性作用基因?qū)ψ魑镫s種優(yōu)勢(shì)的貢獻(xiàn)，同時(shí)也得到部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果的支持，但過(guò)于簡(jiǎn)單化。
　　Bauman(1959)和Spragne等(1962)的研究結(jié)果顯示，玉米籽粒產(chǎn)量受顯性基因影響，Castro等(1968)和Eberhart等(1968)利用數(shù)學(xué)模型分析開放受粉作物栽培玉米的雙親、F1、F2和自交后代的籽粒產(chǎn)量，結(jié)果顯示顯性效應(yīng)并不重要。Burton(1983)用顯性和非顯性兩種模型對(duì)玉米雜種優(yōu)勢(shì)進(jìn)行了分析，指出，顯性效應(yīng)并不是造成玉米雜種產(chǎn)量差異的主要原因。Xiao等(1995)用RFLP分子標(biāo)記進(jìn)行水稻數(shù)量性狀雜種優(yōu)勢(shì)遺傳基礎(chǔ)研究。他們選擇了12個(gè)涉及水稻產(chǎn)量有關(guān)的一系列數(shù)量性狀進(jìn)行田間觀察與室內(nèi)分子標(biāo)記多態(tài)性分析。他們的結(jié)果顯示: 水稻雜種優(yōu)勢(shì)與整個(gè)基因組的雜合性不存在相關(guān)性，特別是在F8代自交系中篩選到一些重要株系，其綜合表型優(yōu)于2個(gè)自交系親本的F1代; 因此他們認(rèn)為，水稻雜種優(yōu)勢(shì)主要決定于親本基因的顯性互補(bǔ)。