在細(xì)菌的鑒別和分類中,對其細(xì)胞結(jié)構(gòu)或是生理、生化特性進(jìn)行觀察和測定并不太困難的,多利用下列方法:在各種培養(yǎng)基上的生長狀況;對碳水化合物和蛋白質(zhì)的利用和分解情況;在DNA中的鳥嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比;有時(shí)還根據(jù)血清學(xué)的試驗(yàn)結(jié)果等。細(xì)菌的屬名和種名都是按命名規(guī)則而定的,但認(rèn)為把全部細(xì)菌都按一個(gè)分類體系來定名不太合理的意見,愈來愈顯得有說服力。(1)已往在應(yīng)用上廣為依據(jù)的伯杰氏分類手冊第7版(1957年)中,在原生植物門中設(shè)置了包括裂殖菌綱、病毒和立克次氏體類的最小生物綱,并將裂殖菌綱分成10目:(i)假單胞菌目;(ii)鞘桿菌目;(iii)生絲微菌目;(iv)真桿菌目;(v)放線菌目;(vi)核衣細(xì)菌目;(vii)貝日阿托氏菌目;(viii)粘球菌目;(ix)螺旋體目;(x)枝原體目。(2)在該書第8版(1974年)中雖分作原核生物界的細(xì)菌門,但由于加強(qiáng)了該書的便覽性質(zhì),因而在其以下等級不再細(xì)分,只把全體分作19個(gè)部門,在各部門中,只在可能的情況下才把屬編成科和目。(3)所謂細(xì)菌類,和其它的真核菌都是構(gòu)成不同于植物界的另一個(gè)菌界(Mycota),從這樣的見解來看,作為原核菌類可放在亞界的位置上。然后,再像真核菌類的分類那樣,把原核菌類大致區(qū)分作枝原體類、細(xì)菌類、粘細(xì)菌類、螺旋體類和放線菌類5個(gè)門。其詳細(xì)區(qū)分可應(yīng)用伯杰氏分類法。在其中間不包括病毒類。