目標花卉與花色之決定及其花色素生合成路徑之分析︰利用基因工程技術(shù)進行作物品種改良與傳統(tǒng)育種方法相同的是，首先須決定所要改良的花卉作物的種類及欲創(chuàng)造之花色。進而對目標作物色素生合成途徑基因的功能及作用機制充分了解，探討其色素生合成途徑之生化或分子層次的缺陷，方能利用分子生物技術(shù)，將特定的花色基因，由另一物種分離，再轉(zhuǎn)移至缺乏此基因的目標作物品種，突破種間雜交的障礙，創(chuàng)造新的花色品種。
基因來源物種之決定及目標基因之選殖與改造︰依據(jù)生物化學的分析結(jié)果選定具有目標花色之作物，做為花色基因的提供者，進行色素基因選殖，以獲得該基因。例如，決定育成藍色的菊花，必須從有藍色花的作物，如愛麗斯、洋桔梗、飛燕草等花卉分離藍色基因。
基因轉(zhuǎn)殖載體之構(gòu)筑︰因為基因無法單獨進入植物細胞內(nèi)，轉(zhuǎn)殖載體可做為將基因由植物細胞外帶入植物細胞核的交通工具。為此，我們所選殖的基因，必須經(jīng)過各種基因操作技術(shù)，如接上激活子，使能激活基因表現(xiàn)；接上促進子或調(diào)節(jié)子等去氧核糖核酸片段，使目標基因更易于控制與表現(xiàn)后，再構(gòu)筑于含有適當選拔標志或報導基因之轉(zhuǎn)殖載體，方能進行基因轉(zhuǎn)移。
將基因轉(zhuǎn)移至目標花卉品種︰基因轉(zhuǎn)移的方法有多種，主要有基因槍（槍）、農(nóng)桿菌（Agrobacterium tumefaciens）及電穿孔法等。必須依據(jù)作物種類及再生特性，選擇適當?shù)幕蜣D(zhuǎn)移系統(tǒng)，將經(jīng)改造構(gòu)筑于載體之基因，轉(zhuǎn)移至目標作物。
轉(zhuǎn)基因植株之篩選及色素基因表現(xiàn)與產(chǎn)物分析︰經(jīng)基因轉(zhuǎn)移后再生所得之植株，需以抗生素、聚合酵素連鎖反應、南方、北方及西方型轉(zhuǎn)漬等篩檢方法，篩選出含有目標基因及表現(xiàn)正常之轉(zhuǎn)基因植株。由于目標基因?qū)偻鈦砘�，可能嵌入目標作物的基因組之任一位置，而影響原有基因之正常表現(xiàn)，因此，含有目標基因之轉(zhuǎn)基因植株，需經(jīng)數(shù)代的基因表現(xiàn)分析、基因穩(wěn)定性測試及遺傳分析，確定此一外來基因可于世代間穩(wěn)定表現(xiàn)，才算是成功的基因轉(zhuǎn)移。
轉(zhuǎn)基因新花色品種之育成與上市︰基因工程品種因含外來基因，并非天然的作物品種，因此，世界各國對轉(zhuǎn)基因植株之育成，及其產(chǎn)品上市過程，均有嚴格之規(guī)范，以維護現(xiàn)有作物品種之安全，除避免轉(zhuǎn)基因在自然界隨意擴散，更要保障消費者的安全。花卉主要為觀賞用，且一般均以盆栽或設施方式于溫、網(wǎng)室內(nèi)栽培，對環(huán)境生態(tài)的可能沖擊較一般轉(zhuǎn)基因植物小，只要不隨意丟棄或自行于戶外栽植，應是安全的。因此，未來消費者對轉(zhuǎn)基因花卉品種之接受程度，較其它基因改造有機體產(chǎn)品高且容易，市場阻力小，發(fā)展空間極大。
目前利用基因工程技術(shù)成功創(chuàng)造新花色的實例有：矮牽牛、花煙草、菊花、非洲菊等，藍色康乃馨與藍玫瑰更聲稱已成功育出，唯仍未見有標示轉(zhuǎn)基因花卉品種上市，可能與基因改造有機體的規(guī)范有關(guān)。