常用的遺傳標(biāo)記主要有各種血型，各種蛋白質(zhì)的電泳行為，蛋白質(zhì)的氨基酸組成，等位基因和特定的DNA序列等。這些遺傳標(biāo)記在早期構(gòu)建遺傳圖時(shí)，常用作制圖的界標(biāo)。現(xiàn)在已有很多種作圖的界標(biāo)，現(xiàn)分述于下：
①限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLPs) 指用某一種限制性?xún)?nèi)切酶切割不同個(gè)體的DNA時(shí)，會(huì)產(chǎn)生長(zhǎng)度不同的DNA片段，這反映出不同個(gè)體來(lái)源的DNA序列有差別，當(dāng)這些差別發(fā)生在限制性?xún)?nèi)切酶的識(shí)別序列中時(shí)，限制酶就不能再識(shí)別這個(gè)切割位置，于是就少了一個(gè)切割點(diǎn)，切成的DNA片段也就少了一個(gè)，但有一個(gè)片段的長(zhǎng)度卻增加了。同樣，當(dāng)DNA的差別造成一個(gè)新的識(shí)別序列時(shí)，限制酶就多了一個(gè)切點(diǎn)，切成的片段也就多了一個(gè)，但有一個(gè)片段的長(zhǎng)度縮短了。這種酶切片段數(shù)目和長(zhǎng)度的變化，可作為一個(gè)個(gè)體的DNA序列的標(biāo)記，通過(guò)家系中親代和子代的DNA分析，便可研究其RFLPs的遺傳規(guī)律，此時(shí)的RFLPs就相當(dāng)于等位基因，可以分析其連鎖交換頻率而算出其遺傳距離，作為遺傳圖的作圖界標(biāo)。人基因組有105以上的RFLPs界標(biāo)。RFLPs是反映了基因組DNA的等位片段的多態(tài)性。將這種多態(tài)性信息與生物體的某一特定表型或性狀之間的關(guān)系進(jìn)行連鎖分析，就有可能把決定該表型或性狀的基因定位在遺傳圖的某一位置上。
②微衛(wèi)星DNA多態(tài)界標(biāo) 在基因組DNA中廣泛分布著單位長(zhǎng)度為6～12個(gè)核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列，這些重復(fù)單位以正向(頭—尾)或反向(頭—頭，尾—尾)串聯(lián)成簇。在DNA的某些位置上這種串聯(lián)成簇的重復(fù)單位數(shù)目不同。因此，用在串聯(lián)重復(fù)序列兩側(cè)切割的限制性?xún)?nèi)切酶酶切后，就會(huì)產(chǎn)生重復(fù)單位數(shù)目不等的片段。這種數(shù)量可變串聯(lián)重復(fù)序列(variablenumber of tandemrepeat，VNTR)的片段長(zhǎng)度不同，可作為多態(tài)性界標(biāo)。
短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeat，STR)是另一類(lèi)多態(tài)性界標(biāo)。STR的重復(fù)單元長(zhǎng)度為2—6個(gè)核苷酸。在不同個(gè)體的基因組中，這種重復(fù)單元的數(shù)目變異很大，因而比RFLPs和VNTR有更高的多態(tài)性；同時(shí)，STR在基因組中的豐度很高，基本上是平均分布并便于用PCR檢測(cè)，可以大大提高遺傳制圖的精度。
③單核苷酸多態(tài)(single nucleotide polymorphism，SNP)界標(biāo) 在一個(gè)群體中，基因組內(nèi)某一基因座上可以有兩個(gè)或兩個(gè)以上的等位基因，這是等位基因的多態(tài)性。同樣，在基因組內(nèi)某一特定核苷酸位置上，也可以有不同的核苷酸。SNP就是指基因組內(nèi)特定核苷酸位置上存在兩種不同的核苷酸且其出現(xiàn)頻率大于1％(也有人提出為2％)。換言之，如出現(xiàn)頻率低于1％(或2％)，則視作點(diǎn)突變。SNP作為單堿基的置換，在群體中只有兩種等位型可以檢出，就形成雙等位標(biāo)記(biallelic marker)，這種界標(biāo)在人基因組中可多達(dá)300萬(wàn)個(gè)，平均每1 300 bp就會(huì)有一個(gè)。因此，3到4個(gè)這種相鄰的界標(biāo)構(gòu)成的單倍型(haplotype)就可以有8～16種。由于兩個(gè)人的基因組作比較時(shí)，平均每1 300個(gè)核苷酸中有1個(gè)差別，所以這種界標(biāo)數(shù)目極多，覆蓋密度大，由此可以大大提高基因組作圖和基因定位的精度。
SNP作為一種堿基的置換，大多數(shù)是轉(zhuǎn)換，即兩種嘌呤間和兩種嘧啶間的置換。SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多半是C轉(zhuǎn)換成T，因?yàn)镃常自發(fā)地脫氧后成為T(mén)。SNP可以人為地劃分為兩種，一種是遍布在基因組非編碼序列中的單核苷酸變異；另一種則是分布在基因編碼序列中的SNP，稱(chēng)之為cSNP(coding SNPs)。cSNP或者是“靜默的”、“同義的”不改變編碼產(chǎn)生的蛋白質(zhì)；或者是“非同義的”，會(huì)改變編碼產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的序列，形成了蛋白質(zhì)的多態(tài)性，在功能上有其效應(yīng)�？墒瞧衽c疾病等直接相關(guān)的SNP是很罕見(jiàn)的。cSNP同點(diǎn)突變之間的差別只在于其在群體出現(xiàn)的頻率，即上面提到的出現(xiàn)頻率大于1％(2％)的歸為多態(tài)，低于1％(2％)的則歸人點(diǎn)突變。
④非多態(tài)的短單一序列作為界標(biāo) 在構(gòu)建基因組物理圖時(shí)可以用非多態(tài)的長(zhǎng)度為300 bp左右的單一序列作為界標(biāo)。常用的有標(biāo)定位置序列(sequence tagged site，STS)和表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tag，EST)。前者是基因組中的單一DNA序列，后者是某一cDNA分子所特有的一段DNA序列。這種界標(biāo)可以直接標(biāo)定在基因組上，并便于用PCR進(jìn)行驗(yàn)證。EST是代表一種cDNA分子，也就是代表一個(gè)基因，但一種cDNA分子或一個(gè)基因可以有不止一個(gè)EST。由EST構(gòu)成的圖譜，有助于構(gòu)建轉(zhuǎn)錄圖或基因圖。
①限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLPs) 指用某一種限制性?xún)?nèi)切酶切割不同個(gè)體的DNA時(shí)，會(huì)產(chǎn)生長(zhǎng)度不同的DNA片段，這反映出不同個(gè)體來(lái)源的DNA序列有差別，當(dāng)這些差別發(fā)生在限制性?xún)?nèi)切酶的識(shí)別序列中時(shí)，限制酶就不能再識(shí)別這個(gè)切割位置，于是就少了一個(gè)切割點(diǎn)，切成的DNA片段也就少了一個(gè)，但有一個(gè)片段的長(zhǎng)度卻增加了。同樣，當(dāng)DNA的差別造成一個(gè)新的識(shí)別序列時(shí)，限制酶就多了一個(gè)切點(diǎn)，切成的片段也就多了一個(gè)，但有一個(gè)片段的長(zhǎng)度縮短了。這種酶切片段數(shù)目和長(zhǎng)度的變化，可作為一個(gè)個(gè)體的DNA序列的標(biāo)記，通過(guò)家系中親代和子代的DNA分析，便可研究其RFLPs的遺傳規(guī)律，此時(shí)的RFLPs就相當(dāng)于等位基因，可以分析其連鎖交換頻率而算出其遺傳距離，作為遺傳圖的作圖界標(biāo)。人基因組有105以上的RFLPs界標(biāo)。RFLPs是反映了基因組DNA的等位片段的多態(tài)性。將這種多態(tài)性信息與生物體的某一特定表型或性狀之間的關(guān)系進(jìn)行連鎖分析，就有可能把決定該表型或性狀的基因定位在遺傳圖的某一位置上。
②微衛(wèi)星DNA多態(tài)界標(biāo) 在基因組DNA中廣泛分布著單位長(zhǎng)度為6～12個(gè)核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列，這些重復(fù)單位以正向(頭—尾)或反向(頭—頭，尾—尾)串聯(lián)成簇。在DNA的某些位置上這種串聯(lián)成簇的重復(fù)單位數(shù)目不同。因此，用在串聯(lián)重復(fù)序列兩側(cè)切割的限制性?xún)?nèi)切酶酶切后，就會(huì)產(chǎn)生重復(fù)單位數(shù)目不等的片段。這種數(shù)量可變串聯(lián)重復(fù)序列(variablenumber of tandemrepeat，VNTR)的片段長(zhǎng)度不同，可作為多態(tài)性界標(biāo)。
短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeat，STR)是另一類(lèi)多態(tài)性界標(biāo)。STR的重復(fù)單元長(zhǎng)度為2—6個(gè)核苷酸。在不同個(gè)體的基因組中，這種重復(fù)單元的數(shù)目變異很大，因而比RFLPs和VNTR有更高的多態(tài)性；同時(shí)，STR在基因組中的豐度很高，基本上是平均分布并便于用PCR檢測(cè)，可以大大提高遺傳制圖的精度。
③單核苷酸多態(tài)(single nucleotide polymorphism，SNP)界標(biāo) 在一個(gè)群體中，基因組內(nèi)某一基因座上可以有兩個(gè)或兩個(gè)以上的等位基因，這是等位基因的多態(tài)性。同樣，在基因組內(nèi)某一特定核苷酸位置上，也可以有不同的核苷酸。SNP就是指基因組內(nèi)特定核苷酸位置上存在兩種不同的核苷酸且其出現(xiàn)頻率大于1％(也有人提出為2％)。換言之，如出現(xiàn)頻率低于1％(或2％)，則視作點(diǎn)突變。SNP作為單堿基的置換，在群體中只有兩種等位型可以檢出，就形成雙等位標(biāo)記(biallelic marker)，這種界標(biāo)在人基因組中可多達(dá)300萬(wàn)個(gè)，平均每1 300 bp就會(huì)有一個(gè)。因此，3到4個(gè)這種相鄰的界標(biāo)構(gòu)成的單倍型(haplotype)就可以有8～16種。由于兩個(gè)人的基因組作比較時(shí)，平均每1 300個(gè)核苷酸中有1個(gè)差別，所以這種界標(biāo)數(shù)目極多，覆蓋密度大，由此可以大大提高基因組作圖和基因定位的精度。
SNP作為一種堿基的置換，大多數(shù)是轉(zhuǎn)換，即兩種嘌呤間和兩種嘧啶間的置換。SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多半是C轉(zhuǎn)換成T，因?yàn)镃常自發(fā)地脫氧后成為T(mén)。SNP可以人為地劃分為兩種，一種是遍布在基因組非編碼序列中的單核苷酸變異；另一種則是分布在基因編碼序列中的SNP，稱(chēng)之為cSNP(coding SNPs)。cSNP或者是“靜默的”、“同義的”不改變編碼產(chǎn)生的蛋白質(zhì)；或者是“非同義的”，會(huì)改變編碼產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的序列，形成了蛋白質(zhì)的多態(tài)性，在功能上有其效應(yīng)�？墒瞧衽c疾病等直接相關(guān)的SNP是很罕見(jiàn)的。cSNP同點(diǎn)突變之間的差別只在于其在群體出現(xiàn)的頻率，即上面提到的出現(xiàn)頻率大于1％(2％)的歸為多態(tài)，低于1％(2％)的則歸人點(diǎn)突變。
④非多態(tài)的短單一序列作為界標(biāo) 在構(gòu)建基因組物理圖時(shí)可以用非多態(tài)的長(zhǎng)度為300 bp左右的單一序列作為界標(biāo)。常用的有標(biāo)定位置序列(sequence tagged site，STS)和表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tag，EST)。前者是基因組中的單一DNA序列，后者是某一cDNA分子所特有的一段DNA序列。這種界標(biāo)可以直接標(biāo)定在基因組上，并便于用PCR進(jìn)行驗(yàn)證。EST是代表一種cDNA分子，也就是代表一個(gè)基因，但一種cDNA分子或一個(gè)基因可以有不止一個(gè)EST。由EST構(gòu)成的圖譜，有助于構(gòu)建轉(zhuǎn)錄圖或基因圖。