微生物學(xué)危害引起人體疾病一般有兩種機(jī)制。

第一種機(jī)制是產(chǎn)生毒素，這些毒素既可引起短期輕微的癥狀，也可引起長(zhǎng)期的或危及生命的嚴(yán)重中毒后果，即所謂的“食源性中毒”：這是食物中的產(chǎn)毒細(xì)菌在適宜的條件下，繁殖并產(chǎn)毒，吞食了含毒素的食物后，引起一系列人體中毒現(xiàn)象；如金黃色葡萄球菌（S.aureus）、肉毒梭狀芽孢桿菌(C.botulinum)和產(chǎn)氣莢膜梭狀芽孢桿菌(C.perfringens)等產(chǎn)毒細(xì)菌，均可引起“食源性中毒”。又稱“毒素性食物中毒”。

第二種機(jī)制是因攝入能夠感染寄主的活體生物而產(chǎn)生病理反應(yīng)，即所謂的“食源性感染”：這是由吞食大量（10^７以上）活的病原體引起；這些致病性細(xì)菌在人體內(nèi)、通常是在腸道內(nèi)生長(zhǎng)，導(dǎo)致人的生病。如沙門氏菌屬（Salmonella）、致病性大腸桿菌（如EHEC）、變形桿菌屬（Proteus）、副溶血性弧菌（V.parahaemolyticus）、蠟樣芽孢桿菌（B.cereus）和糞鏈球菌(S.faecalis)等，均可引起“食源性感染”。又稱“感染性食物中毒”。

在前一種情況下，所關(guān)注的閾值水平(threshold levels)比較容易定量。在這些情況中，如同某些其它生物學(xué)因子一樣，定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估是可能的。然而，當(dāng)考慮到來(lái)自致病性細(xì)菌的危害時(shí)，定性風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估可能是唯一可行的方法，并藉以獲得對(duì)與通過(guò)攝食暴露有關(guān)的危害的嚴(yán)重性和可能性的評(píng)估。但是，定量和定性方法都將取決于在風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估過(guò)程中所產(chǎn)生信息的類型和性質(zhì)。在評(píng)估一些微生物學(xué)風(fēng)險(xiǎn)時(shí)，可以有足夠的數(shù)據(jù)進(jìn)行定量分析，但是，在大部分情況下，諸多與怎樣和何時(shí)微生物才表達(dá)致病性有關(guān)的不確定性，將使定量評(píng)估變得不可行。對(duì)此，將來(lái)需要做進(jìn)一步的研究，以使評(píng)估更加精確以及可以進(jìn)行定量評(píng)估。

當(dāng)缺乏量的數(shù)據(jù)時(shí)開(kāi)展一個(gè)暴露評(píng)估，在特定的加工工序或生產(chǎn)環(huán)節(jié)對(duì)危害水平進(jìn)行測(cè)定，可以為消費(fèi)者提供一個(gè)可能風(fēng)險(xiǎn)的定性標(biāo)識(shí)。在這方面，可以采用微生物危害水平和對(duì)人類健康可能的不同作用定性評(píng)價(jià)的比較研究。