首先要說明的就是檢測的蛋白質(zhì)在你檢測的組織或者細(xì)胞中是表達(dá)的,根據(jù)該蛋白質(zhì)的功能狀態(tài)（磷酸化還是非磷酸化）的需要,調(diào)控該蛋白質(zhì)活性的酶（即蛋白磷酸酶（去磷酸化）或蛋白激酶（磷酸化））對其進(jìn)行調(diào)空,因此當(dāng)細(xì)胞受到刺激時,通過信號級聯(lián)通路可能會增強目的蛋白的磷酸化水平或者磷酸化水平減弱,所以:

1.磷酸化抗體主要是針對磷酸化位點制備的,檢測該蛋白在細(xì)胞受到刺激時該蛋白的變化情況（磷酸化水平增強還是減弱）;

2.非磷酸化抗體（主要針對非磷酸化位點的肽段制備的）主要檢測組織或細(xì)胞中該蛋白的表達(dá)情況,組織分布或細(xì)胞中定位,同時可以作為磷酸化水平變化的內(nèi)參等.

區(qū)別在于：

1.磷酸化抗體的檢測的是出于活性狀態(tài)（磷酸化）的蛋白

2.磷酸化抗體只針對磷酸化位點設(shè)計，是一種位點特異性的多抗，這到有些單抗的特性。

3.普通抗體的合成（多抗）：原核表達(dá)蛋白->純化->免疫動物->收獲抗體

4.磷酸化抗體合成：人工合成含磷酸化位點的多肽->人工體外磷酸化->鏈接半抗原->免疫動物->收獲抗體

5.磷酸化的蛋白很大部分是轉(zhuǎn)錄相關(guān)因子。因此使用磷酸化抗體和普通抗體 檢測同一個蛋白，原位檢測可能具有不同的細(xì)胞定位。轉(zhuǎn)錄因子磷酸化后由細(xì)胞質(zhì)進(jìn)入細(xì)胞核。

6.一般而言，磷酸化蛋白的實驗結(jié)果與分子功能更直接相關(guān)。

7.也就是說，能使用磷酸化的更好。很多時候是同時使用。