雙螺旋DNA進(jìn)一步扭曲盤繞則形成其三級(jí)結(jié)構(gòu),超螺旋是DNA三級(jí)結(jié)構(gòu)的主要形式。自從1965年Vinograd等人發(fā)現(xiàn)多瘤病毒的環(huán)形DNA的超螺旋以來,現(xiàn)已知道絕大多數(shù)原核生物都是共價(jià)封閉環(huán)(covalently closed circle,CCC)分子,這種雙螺旋環(huán)狀分子再度螺旋化成為超螺旋結(jié)構(gòu)(superhelix或supercoil),如圖15-11所示。有些單鏈環(huán)形染色體(如φ×174)或雙鏈線形染色體(如噬菌體入),在其生活周期的某一階段,也必將其染色體變?yōu)槌菪问健?duì)于真核生物來說,雖然其染色體多為線形分子但其DNA均與蛋白質(zhì)相結(jié)合,兩個(gè)結(jié)合點(diǎn)之間的DNA形成一個(gè)突環(huán)(loop)結(jié)構(gòu),類似于CCC分子,同樣具有超螺旋形式。超螺旋按其方向分為正超螺旋和負(fù)超螺旋兩種。真核生物中,DNA與組蛋白八聚體形成核小體結(jié)構(gòu)時(shí),存在著負(fù)超螺旋。研究發(fā)現(xiàn),所有的DNA超螺旋都是由DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶產(chǎn)生的。
(二)染色質(zhì)和核小體
1.染色質(zhì)
真核生物的染色體(chromasome)在細(xì)胞生活周期的大部分時(shí)間里都是以染色質(zhì)(chromatin)的形式存在的。染色質(zhì)是一種纖維狀結(jié)構(gòu),叫做染色質(zhì)絲,它是由最基本的單位棗核小體(nucleosome)成串排列而成的。DNA是染色體的主要化學(xué)成分,也是遺傳信息的載體,約占染色體全部成分的27%,另外組蛋白和非組蛋白占66%,RNA占6%.
組蛋白(histones)是一種堿性蛋白質(zhì),等電點(diǎn)一般在PH10.0以上,其特點(diǎn)是富含二種堿性氨基酸(賴氨酸和精氨酸),根據(jù)這兩種氨基酸在蛋白質(zhì)分子中的相對(duì)比例,將組蛋白分為五種類型(表15-6)。
表15-6 五種組蛋白分子的基本參數(shù)
種類 | 類型 | 堿性氨基酸 | 酸性 氨基酸 | 堿性氨基酸/酸性氨基酸 | 氨基酸 殘基數(shù) | 分子量 | 核小體 上位置 | ||
Lys | Arg | Lys/Arg | |||||||
H1 | 極度富含Lys | 29% | 1% | 29 | 5% | 5.4 | 215 | 23 000 | 連接* |
H2A | 11% | 9% | 1.2 | 15% | 1.4 | 129 | 14 500 | 核心 | |
H2B | ″ | 16% | 6% | 2.7 | 13% | 1.7 | 125 | 13 774 | ″ |
H3 | 極度富含Lys+富含Arg | 10% | 13% | 0.78 | 13% | 1.8 | 135 | 15 324 | ″ |
H4 | ″ | 11% | 14% | 0.79 | 10% | 2.5 | 102 | 11 282 | ″ |
*現(xiàn)已證明:H1是與核小體的核心顆粒相當(dāng)靠近的,認(rèn)為它位于連接DNA上,只是一種習(xí)慣說法。?
五種組蛋白在同一生物的不同組織中完全一樣,在不同的真核生物中也很相似。組蛋白對(duì)染色體中DNA的包裝有十分重要的作用。
2.核小體
核小體是構(gòu)成染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單位,使得染色質(zhì)中DNA、RNA和蛋白質(zhì)組織成為一種致密的結(jié)構(gòu)形式。核小體由核心顆粒(core particle)和連接區(qū)DNA(linker DNA)二部分組成,在電鏡下可見其成捻珠狀,前者包括組蛋白H2A,H2B,H3和H4各兩分子構(gòu)成的致密八聚體(又稱核心組蛋白),以及纏繞其上一又四分之三圈長(zhǎng)度為146bp的DNA鏈;后者包括兩相鄰核心顆粒間約60bp的連接DNA和位于連接區(qū)DNA上的組蛋白H1,連接區(qū)使染色質(zhì)纖維獲得彈性。核小體是DNA緊縮的第一階段,在此基礎(chǔ)上,DNA鏈進(jìn)一步折疊成每圈六個(gè)核小體,直徑30nm的纖維狀結(jié)構(gòu),這種30nm纖維再扭曲成襻,許多襻環(huán)繞染色體骨架(Scaffold)形成棒狀的染色體,最終壓縮將近一萬倍。這樣,才使每個(gè)染色體中幾厘米長(zhǎng)(如人染色體的DNA分子平均長(zhǎng)度為4cm)的DNA分子容納在直徑數(shù)微米(如人細(xì)胞核的直徑為6-7μm)的細(xì)胞核中。
核小體的形成以及DNA超螺旋結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系還不十分清楚,可能與基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)控制有關(guān)。