1996年德國伯恩斯坦大學的Meyer Rolf等論證了PCR檢測轉(zhuǎn)基因食品的可能性。利用該方法在鑒定轉(zhuǎn)基因抗除草劑大豆RoundUp ReadyTM Soybean(RRS)和轉(zhuǎn)基因抗蟲玉米系列標準品Btl76 Maxi maizer的實驗中，可以檢測到僅為0．5％轉(zhuǎn)基因成分。Matsuoka等通過對7種轉(zhuǎn)基因玉米轉(zhuǎn)入的外源基因的序列分析，設計了14對檢測該7種轉(zhuǎn)基因玉米啟動子、終止子和結(jié)構(gòu)基因的引物，分別對轉(zhuǎn)基因玉米、非轉(zhuǎn)基因玉米、轉(zhuǎn)基因大豆、非轉(zhuǎn)基因大豆進行了PCR擴增檢測，同時為檢測所設計引物的特異性，還對其他作物如水稻、大麥、小麥等進行了PCR擴增，檢驗結(jié)果表明該方法能夠快速有效地檢測轉(zhuǎn)基因玉米品種。每一次實驗均需要設有陰性及陽性對照以確保實驗結(jié)果可靠性。在樣品采集及處理過程中也需要注意防止污染。

多重PCR是常規(guī)PCR方法的改進，它是在同一個反應中同時擴增兩個或多個目標基因序列。這種方法具有更大的可靠性和適應性，并且能降低檢測成本。多重PCR可以同時針對幾個靶位點進行PCR技術檢測。V．T．Forte等利用其設計的多重PCR方法對轉(zhuǎn)基因大豆和Bt玉米樣品進行實際檢測，結(jié)果表明該方法能夠準確的檢測食品中是否含有轉(zhuǎn)基因成分，其檢測結(jié)果可以精確到2％～0．1％的范圍。Permingeat等僅用兩對引物就可同時檢測出轉(zhuǎn)基因玉米Btl76、 MON810、Btll和T25的CrylA(b)和pat基因。多重 PCR也可同時準確地擴增出Roundup Ready大豆的 NOS和epsps序列片段。

巢式PCR(nested PCR)是在普通PCR基礎上發(fā)展起來的一種PCR技術。其原理是設計兩對引物，其中一對引物在另一對引物擴增產(chǎn)物的片段上，通過二次PCR反應對某個基因進行檢測。

以放射性或熒光標記的外源目的基因的同源序列作為探針與該食品原料農(nóng)產(chǎn)品的總DNA進行雜交。首先用限制酶消化受體總DNA，通過瓊脂糖凝膠電泳按大小分離所得的片斷，隨后使DNA在原位發(fā)生變性，并從凝膠轉(zhuǎn)移至一固相支持體上。DNA轉(zhuǎn)移至固相支持體的過程中，各個DNA片斷的相對位置保持不變，用放射性或熒光標記的探針與各個DNA片斷雜交，經(jīng)放射自顯影確定與探針互補的電泳條帶的位置。核酸印記法技術用于食品外源基因的檢測可檢測出外源基因與內(nèi)源基因有高度同源性的DNA片斷，且準確可靠，但對樣品的純度要求較高，費用也較高。

 

通過比較要擴增的樣品中目標DNA和在同一體系中進行擴增的已知量的競爭性DNA而得到的，競爭性DNA必須與目標DNA具有相同的引物和不同的分子量，以便二者既能同時進行擴增反應又能使擴增后的兩種產(chǎn)物通過凝膠電泳區(qū)分開來。Anastasia k等在競爭性PCR的基礎上，對雙競爭性定量PCR(Double cmantitative competitive PCR，DCPCR)進行了研究，并與實時PCR進行了比較，證明競爭性PCR具有靈敏度高、探針價格更低廉的優(yōu)點。

這是在轉(zhuǎn)基因食品檢測中非常重要的一種檢測技術。在該體系中，除了兩條普通的引物外，還有一條在5’和3’端分別標記了報告熒光染料基團(R)、粹滅熒光染料基團(Q)，并與PCR產(chǎn)物特異片段結(jié)合的寡核苷酸探針。它通過分析起始拷貝數(shù)的方式以標準品制備標準曲線，從而判定待檢產(chǎn)品中的轉(zhuǎn)基因含量。在整個檢測過程中閉管操作，使用熒光染料特異標記PCR產(chǎn)物，實時顯示PCR產(chǎn)物的動態(tài)積累，且沒有繁雜的后續(xù)處理過程，避免了產(chǎn)物的污染，方法快捷、靈敏、有效。

多重熒光PCR技術是多重PCR和實時熒光定量PCR的結(jié)合，該技術除了應用轉(zhuǎn)基因生物檢測外，還有著廣泛的應用前景和領域。多重熒光PCR可同時檢測多種病原細菌，具有快速、簡便、準確、特異的優(yōu)點。