(1)菌群：由多種細(xì)菌混合組成的相對(duì)穩(wěn)定的細(xì)菌群體，具有某些共同性狀。如大腸菌群包括大腸桿菌、產(chǎn)氣腸細(xì)菌及他們之間的過渡類型。

(2)菌屬：菌種的上一級(jí)分類，通常性狀相近、親緣關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬，如芽孢桿菌屬、葡萄球菌屬、乳桿菌屬等。

(3)菌種：是細(xì)菌最基本的分類單位，通常指表型特征相似、親緣關(guān)系接近的一類細(xì)菌群體，與同屬內(nèi)其他種有著明顯差異;當(dāng)涉及到細(xì)菌保存時(shí)，菌種是指細(xì)菌的種子(用來長期保存)資源。

(4)菌型：同一菌種的不同細(xì)菌，在某些方面存在較小差異的為同一菌型，通常一個(gè)菌種內(nèi)的細(xì)菌可以分為多種不同的菌型。

(5)菌株：由一個(gè)獨(dú)立分離的單細(xì)胞系培養(yǎng)而成的純遺傳型群體及其一切后代，一種微生物的每一個(gè)不同來源的純培養(yǎng)物均可稱為該菌種的一個(gè)菌株。